L’église Saint Pair d’Yquelon date du XIIème siècle, elle est remarquable par son ensemble et plus particulièrement par ses deux portes romanes et sa voûte de bois. Le portail d’entrée ouest mutilé, présente encore une arcature zigzaguée, ornée de trois modillons représentant des têtes d’hommes. La porte romane sud actuellement murée, est ciselée en dents de loup.
On retrouve le nom de Saint Pair d’Yquelon dans deux chartes de l’Abbaye de la Lucerne. L’un des signataires est Roger d’Yquelon, Seigneur des lieux. En 1885, on découvrit dans le cimetière au nord de l’église une pierre tombale en pierre calcaire tendre datant du XIIème. En février 1893, cette pierre tombale fut encastrée dans un enfeu présent dans le mur nord de la nef de l’église. Le chœur au chevet plat reproduit en miniature les dispositions du chœur de l’abbatiale de la Lucerne dont il est contemporain. La voûte du chœur est divisée en deux travées carrées séparées par un arc doubleau et soutenue par des arcs diagonaux. Les consoles sont remarquables, c’est un type d’architecture très rare dans la région. Le vitrail de Saint Jacques Le majeur situe Yquelon sur le chemin de St Jacques de Compostelle dont le Mont Saint Michel n’est qu’une étape.
Dans le cadre des travaux de protection et de mise en valeur de l’église Saint-Pair d’Yquelon, des sondages ont été réalisés par deux archéologues de l’INRAP (Institut national de recherches archéologiques préventives). Ils ont trouvé plusieurs sépultures anciennes dont une antérieure au XIIè siècle, date de la construction de l’église. Cette découverte est importante pour l’histoire de l’église d’Yquelon. Cette sépulture signifie qu’un édifice existait vraisemblablement avant l’église actuelle. Une datation au carbone 14 a été effectuée.
Lancé en novembre 2017, le programme de restauration et de conservation de l’église Saint-Pair est terminé. Il comprenait entre autres : le remaniage partiel de la toiture, la restauration des maçonneries extérieures, la réfection des enduits intérieurs, un chauffage et une installation électrique neufs…
